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Häufig bietet Phenotype die Möglichkeit, das Verhalten von Systemobjekten anzupassen. Dazu sollte man allerdings keinesfalls direkt im Systemordner Klassen editieren. Alle Phenotype Systemklassen werden als KlassenNameStandard definiert. Die Instanzierung der Klassen erfolgt jedoch über den reinen Klassennamen. Beispiel:

Die Systemklasse Phenotype ist als PhenotypeStandard definiert, wird aber als Phenotype instanziert. Die Klasse Phenotype wird dynamisch als Erweiterung der Klasse PhenotypeStandard angelegt, sofern sie nicht bereits anderweitig definiert wurde.

Für den Anwender bedeutet dies ganz einfach, dass durch Definition der Klasse Phenotype ganz einfach Systemverhalten verändert werden kann.

class Phenotype extends PhenotypeStandard
{
  $customVar = "customValue";
}

Eine solche Anpassung kann z.B. einfach in der Datei _application.inc.php angelegt werden, man braucht nicht für jede Klasse eine separate Datei. Nach diesem Muster lassen sich fast alle Klassen von Phenotype erweitern.

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